下列有关原子的说法正确的是（ ）A．原子能构成分子，但不能直接构成物质B．原子中一定含有质子、中子

【专家解说】：A、原子能构成分子，也是构成物质的一种粒子，能直接构成物质，故选项说法错误．
B、原子中不一定含有质子、中子、电子三种粒子，如氢原子核内没有中子，故选项说法错误．
C、碳-12原子和碳-13原子质子数相同，相对原子质量分别为12、13，故它们的中子数不同，故选项说法错误．
D、化学变化的实质就是分子分成原子，原子再重新组合成新分子，在反应前后，原子的种类和数目都不变，故选项说法正确．
故选：D．